Poslední změna:


Aktualizovaná doporučení ENIGMA pro reportování zárodečných variant v nádorových predispozičních genech – česká verze

(dle článku: Arcangela De Nicolo et al. Updated ENIGMA recommendations for reporting germline variants in cancer susceptibility genes and their translation into twenty languages. J Med Genet. 2026 May 14:jmg-2026-111498.)


Konsenzuální stanovisko konsorcia CZECANCA a Pracovní skupiny Onkogenetiky SLG ČLS JEP

(dle článku: Soukupová J et al. Rozsah reportování při vyšetření predispozice k nejčastějším solidním nádorům dospělého věku pomocí sekvenování nové generace. Klin Onkol 2026; 39(1): 56-63. DOI: 10.48095/ccko202656.)


Laboratoř bude indikujícímu klinickému genetikovi reportovat:
i) v požadovaných genech varianty v rozsahu VUS/LP/P (s případným upozorněním, zda se jedná o „hot“ VUS, tj. variantu s vyšší možností reklasifikace směrem k pravděpodobně patogenní) a
ii) mimo požadované geny pouze LP/P varianty.
Lékařský genetik pak bude pacientovi reportovat varianty v rozsahu LP/P.
VUS bude reportován probandovi pouze v případě doporučení provedení doplňujících vyšetření, např. analýza RNA u potenciálně sestřihových variant, segregační analýza v rodině. Ostatní VUS vyšetřovanému jedinci reportovány nebudou.
Laboratoř má povinnost pravidelně přehodnocovat klasifikaci identifikovaných variant a v případě klinicky významné změny klasifikace varianty informuje bez vyžádání indikujícího lékaře.



Konsenzus (z 07/2026) týkající se rutinního reportování sekundárních nálezů P/LP variant při vyšetření nádorové predispozice (hodnoceny geny v rozsahu panelu CZECANCA v.1.2.2 & CZECANCA v.3.0)

Geny s konsenzem REPORTOVAT P/LP varianty jako secondary findings
Gen Typ reportovaných variant (P/LP) podle mechanismu patogenity* Nádorová predispozice Prekoncepční testování partnera (prevence AR/XR onemocnění, jiné)
AIP LoF Ano Ne
ALK GoF (TK doména) Ano Ne
APC LoF; včetně promotoru.
I1307K (rs1801155) reportovat jako "rizikovou alelu"** 		Ano Ne
ATM LoF Ano Ano
AXIN2 LoF Ano Ne
BAP1 LoF Ano Ne
BARD1 LoF Ano Ne
BLM LoF Ne Ano
BMPR1A LoF Ano Ne
BRCA1 LoF Ano Ne
BRCA2 LoF Ano Ano při pozitivní OA/RA partnera
BRIP1 LoF Ano Ne
CDC73 LoF Ano Ne
CDH1 LoF Ano Ne
CDK4 LoF Ano Ne
CDKN1BLoFAnoNe
CDKN2ALoFAnoNe
CEBPALoFAnoNe
CYLDLoFAnoNe
DICER1LoFAnoNe
DPYDLoFNeNe
EGFRpouze p.T790M (rs121434569); GoF; TK doménaAnoNe
EPCAMpouze varianty (CNV) postihující expresi MSH2AnoNe
EXT1LoFAnoNe
EXT2LoFAnoNe
FANCALoFNeAno
FANCBLoF; pouze u žen přenašeček (X-vázaný sy u synů)NeNe
FANCMbialelicky LoFAnoNe (infertilita)
FHLoF; cave: mutace pouze s FH deficiencyAnoNe
FLCNLoFAnoNe
GATA2LoFAnoNe
GPC3LoF; pouze u žen přenašeček (X-vázaný sy u synů)NeNe
HNF1ALoFNe (MODY)Ne
HOXB13pouze p.G84E (rs138213197)AnoNe
CHEK2LoFAnoNe
KITGoFAnoNe
MAXLoF; parent-of-origin effectAnoNe
MBD4bialelicky LoFAnoNe
MEN1LoFAnoNe
METGoFAnoNe
MITFpouze p.E318K (rs149617956)AnoNe
MLH1LoFAnoNe
MLH3bialelicky LoFAnoNe
MSH2LoFAnoNe
MSH3bialelicky LoFAnoNe
MSH6LoFAnoNe
MUTYHbialelicky LoFAnoNe
MUTYHmonoalelicky LoFNeNe
NBNLoFAnoAno
NF1LoFAnoNe
NF2LoFAnoNe
NTHL1bialelicky LoFAnoNe
PALB2LoFAnoAno při pozitivní OA/RA partnera
PDGFRAGoFAnoNe
PMS2LoFAnoNe
POLD1GoF; missense v exonukleázové doméněAnoNe
POLEGoF; missense v exonukleázové doméněAnoNe
POT1LoFAnoNe
PRKAR1ALoFAnoNe
PRSS1GoFAnoNe
PTENLoFAnoNe
PTCH1LoFAnoNe
RAD51CLoFAnoNe
RAD51DLoFAnoNe
RB1LoFAnoNe
RETGoFAnoNe
RNF43LoFAnoNe
SDHALoFAnoNe
SDHAF2LoF; parent-of-origin effectAnoNe
SDHBLoFAnoNe
SDHCLoFAnoNe
SDHDLoF; parent-of-origin effectAnoNe
SMAD4LoFAnoNe
SMARCA4LoFAnoNe
SMARCB1LoFAnoNe
SMARCE1LoFAnoNe
STK11LoFAnoNe
SUFULoFAnoNe
TERTpouze promotorové P/LP variantyAnoNe
TMEM127LoFAnoNe
TP53LoFAnoNe
TSC1LoFAnoNe
TSC2LoFAnoNe
VHLLoFAnoNe
WT1LoFAnoNe
Geny s konsenzem NEREPORTOVAT P/LP varianty jako secondary findings
AKT1, APEX1, ATMIN, ATR, ATRIP, AURKA, AXIN1, BABAM1, BRAP, BRCC3, BRE, BUB1B, CASP8, CCND1, CDKN1C, CDKN2B, CELA3B, CEP57, CLSPN, CPA1, CSNK1D, CSNK1E, CYP19A1, CYP3A5, CWF19L2, DCLRE1C, DDB2, DHFR, DIS3L2, DMBT1, DMC1, DNAJC21, DPYS, ELAC2, ELP1, EMSY, EPHX1, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERCC6, ESR1, ESR2, EXO1, EYA2, EZH2, FAAP24, FAAP100, FAM175A (ABRAXAS1), FAM175B, FAN1, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM monoalelicky, FBXW7, FOXE1, FOXO1, GADD45A, GALNT12, GRB7, GREM1, HELQ, HRAS, HUS1, CHEK1, KAT5, KCNJ5, KIF1B, LIG1, LIG3, LIG4, LLGL2, LMO1, LRIG1, LZTR1, MAD2L2, MAP2K4, MAP3K1, MBD4 monoalelicky, MC1R, MCM8, MCPH1, MDC1, MDM2, MDM4, MGMT, MLH3 monoalelicky, MMP8, MPL, MRE11A, MRNIP, MSH3 monoalelicky, MSH5, MSR1, MTAP, MUS81, NAT1, NCAM1, NELFB, NFKBIZ, NHEJ1, NSD1, NTHL1 monoalelicky, OGG1, PARP1, PCNA, PHB, PHOX2B, PIK3CG, PLA2G2A, PMS1, POLB, POLH monoalelicky, PPM1D, PREX2, PRF1, PRKDC, PTCH2, PTTG2, RABL3, RAD1, RAD17, RAD18, RAD23B, RAD50, RAD51, RAD51AP1, RAD51B, RAD52, RAD54B, RAD54L, RAD9A, RBBP8, RECQL, RECQL4, RECQL5, RFC1, RFC2, RFC4, RFWD3, RHBDF2, RNASEL, RNF146, RNF168, RNF8, RPA1, RUNX1, SAMHD1, SBDS, SCL5A5, SETBP1, SETX, SHPRH, SLX4, SPINK1, SPOP, SQSTM1, SRY, TBXT, TCL1A, TELO2, TERF2, TLR2, TLR4, TOPBP1, TP53BP1, TSHR, UBE2A, UBE2B, UBE2I, UBE2V2, UBE2T, UBE4B, UIMC1, UPB1, WRN, XAF1, XPA, XPC, XRCC1, XRCC2, XRCC3, XRCC4, XRCC5, XRCC6, ZNF350, ZNF365


Zkratky: LoF, loss-of-function; GoF, gain-of-function; AR, autozomálně recesivní; OA, osobní anamnéza; RA, rodinná anamnéza
* v případě pseudogenních oblastí musí být potvrzeno, že se P/LP varianta nachází v genu, a nikoliv v pseudogenu
** riziková alela – označení pro variantu s prokázaným, ale klinicky málo významným rizikem (OR <<2)
*** klinický dopad P/LP variant (zvýšené riziko nádorů) závisí na parentálním původu variantní alely, doporučeno vyšetření rodičů probanda